Dalam pasal 73 Undang-undang No.31 Tahun 2004 tentang Perikanan menyebutkan bahwa terdapat 3 (tiga) instansi yang berwenang dalam penegakan hukum perikanan, yaitu instansi Departemen Kelautan Dan Perikanan (DKP), Tentara Nasional Indonesia Angkatan Laut (TNI AL), serta kepolisian negara RI (POLRI). Ketiga instansi tersebut sama-sama berwenang untuk menangani perkara yang sama, artinya sama-sama bisa melakukan penyidikan, pemberkasan BAP serta menyerahkannya kepada Jaksa Penuntut Umum tanpa ada keterpaduan sistem dalam pelaksanaannya. Sehingga dalam kenyataan di lapangan seringkali terjadi konflik kewenangan dalam penegakan hukum perikanan. Konflik kewenangan ini bisa bersifat negatif tetapi bisa juga konflik kewenangan yang bersifat positif (sama-sama berwenang). Konflik kewenangan yang terjadi sangatlah tidak menguntungkan dan harus segera di carikan jalan keluarnya secara hukum.
Dalam dunia hukum kita mengenal ada tiga sumber kewenangan, yaitu Kewenangan Atribusi, Delegasi dan Mandat. Dikaitkan dengan ini maka kewenangan penegakan hukum perikanan oleh ketiga instansi penegakan hukum perikanan tersebut yang bersumberkan pada UU No.31 Tahun 2004 tentang Perikanan, maka kewenangan tersebut merupakan kewenangan Atribusi. Secara hukum ketiga instansi penegak hukum perikanan tersebut sama-sama berwenang untuk membuat aturan hukum yang bersifat regulasi dalam menjalankan kewenangannya untuk menegakkan hukum perikanan. Pembentukan aturan hukum regulasi tersebut harus berdasarkan UU No.10 Tahun 2004 tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan, karena perlu kita sadari bahwa seluruh tindak pemerintahan di bidang penegakan hukumharus berdasarkan pada asas legalitas (berdasarkan pada aturan hukum yang jelas).
Penyelesaian konflik konflik kewenangan ini perlu dilakukan dengan pendekatan hukum. Perlu dibentuk suatu forum koordinasi seperti yang telah ditentukan dalam pasal 73 ayat (3) UU No.31 tahun 2004 tentan Perikanan. Meskipun pada kenyataannya telah dikeluarkan peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No. PER. 18/MEN/2005 tentang Forum Koordinasi Penanganan Tindak Pidana di Bidang Perikanan, belumlah dapat menyelesaikan konflik kewenangan dalam penegakan hukum perikanan. Dilihat dari kewenangan kelembagaan jelas Forum Koordinasi tidak mempunyai wewenang kelembagaan artinya apabila salah satu dari ketiga instansi penegak hukum perikanan tersebut tidak melakukan koordinasi maka tidak ada akibat hukumnya. Dan kenyataan yang ada di lapangan penegakan hukum perikanan dilakukan tanpa koordinasi dan berjalan sendiri-sendiri (sektoral) tanpa ada keterpaduan sistem. Hal ini dapat menimbulkan tindakan penyalahgunaan wewenang (membuka pintu Korupsi Kolusi dan Nepotisme) dan tindakan sewenang-wenang oleh ketiga instansi penegak hukum perikanan tersebut. Disamping itu juga tidak adanya lembaga pengawas yang mengontrol dan mengawasinya. Oleh karena itu perlu adanya lembaga pengawasan penegakan hukum perikanan serta perlu adanya keterpaduan sistem (Integrated System) dalam pelaksanaannya. Keterpaduan sistem itu misalnya dengan Online Integrated System. Contohnya apabila salah satu instansi penegak hukum perikanan tersebut melakukan penangkapan terhadap kapal yang melakukan illegal fishing, instansi lain juga bisa memonitor tindakan itu. Bahkan instansi Kejaksaan dan Pengadilan Perikanan juga bisa memantau. Sehingga otomatis juga akan terjadi suatu pengawasan terhadap ketiga instansi penegak hukum perikanan tersebut. Apabila dengan cara online integrated system ini belum bisa dilaksanakan, maka perlu kita pikirkan untuk membentuk suatu lembaga pengawasan independen yang dibentuk dengan Undang-undang dan laporan pertanggung jawabannya langsung ke DPR.
Untuk menyelesaikan konflik kewenangan dalam penegakan hukum Perikanan sekiranya perlu adanya revisi terhadap Undang-undang No.31 Tahun 2004 tentang Perikanan, dan dengan menambahkan pembagian kewenangan secara jelas serta dilengkapi dengan mekanisme kerja yang pasti dan memasukkan sistem penegakan hukum perikanan secara terpadu yang dilengkapi dengan lembaga pengawasan dalam penegakan hukum perikanan, untuk menghindari terjadi konflik kewenangan seperti yang terjadi sekarang ini.
